1.Arbeitsgebiet: Biometrie, Bioinformatik
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Den Termin des nächsten AG-Treffens finden Sie unter "Neuigkeiten" im GPZ-Terminkalender! Hier finden Sie auch die aktuellen Programme der Veranstaltungen sowie Informationen zur Anreise, etc..
Sommertagung bei der Fa. Bayer CropScience
12./13. Juni 2008 in Monheim/Rhein
Die diesjährige Sommertagung der AG in Monheim wurde gemeinsam mit der AG Biometrie und Versuchsmethodik der Deutschen Phytomedizinischen Gesellschaft, der AG Landwirtschaftliches Versuchswesen der Biometrischen Gesellschaft und der AG Versuchswesen der Gesellschaft für Pflanzenbauwissenschaften durchgeführt. Gastgeber war die Firma Bayer CropScience. Ein inhaltlicher Schwerpunkt war die Erfassung und Auswertung von Bonituren für Krankheiten und Unkrautbefall. Daneben gab es Vorträge zur Nächst-Nachbar-Analyse von Feldversuchen sowie eine Vorstellung des Nordic Field Trial Systems. Neben interessanten Vorträgen wurden Versuchseinrichtungen der Fa. Bayer CropScience besichtigt.
Die nächste Sommertagung soll auf Einladung der Landwirtschaftskammer Nordrhein/Westfalen am 25./26. Juni 2009 in Soest (Haus Düsse) stattfinden. Die örtliche Organisation liegt in den Händen von Herrn Dissemond.
(Hans-Peter Piepho, Hohenheim)
Internationales Symposium „Agricultural Field Trials – Today and Tomorrow“
der AG Biometrie/Bioinformatik
am 8./10. Oktober 2007 in Hohenheim
Organisation: Prof. Dr. H.-P. Piepho, Hohenheim
Das Symposium wurde von Arbeitsgruppen aus 6 verschiedenen Gesellschaften getragen, u.a. der AG Biometrie und Bioinformatik der GPZ. Es wurde ein breites Spektrum von Themen behandelt, angefangen von der statistischen Versuchsplanung und Auswertung von Versuchen und Versuchsserien, über Datenbanksysteme, Sensortechnologien und Bildanalyse bis hin zum Sicherheitsnachweis für genetisch modifizierte Sorten. Von den etwa 220 Teilnehmern kam etwa ein Drittel aus dem Ausland.
Das Symposium hatte 7 eingeladene Redner, die folgende Vortragsthemen beisteuerten:
- Emlyn Williams, Australien: Developments in experimental design for agricultural field trials – spatial gain and randomization loss,
- Fred van Eeuwijk, NL: Statistical methods for the analysis of series of plant breeding experiments,
- Jon Winfield, UK: Interpretation of efficacy trials: UK perspective on the need for statistical analysis of trials data,
- Arno Ruckelshausen, D: Autonomous robots in agricultural field trials,
- Joe Perry, UK: Design of experiments and analysis of data concerning GM crops,
- Peter Tillmann, D: Near infrared spectroscopy on plot harvesters,
- Wieslaw Pilarzcyk, Polen: The extent and prevailing shape of spatial relationships in Polish variety testing trials on cereals.
Alle Beiträge sind in einem Tagungsband publiziert. Neben den Vorträgen gab es verschiedene Produktpräsentationen und Tutorien, z.B. zu gemischten Modellen, der nichtlinearen Regression und der computerbasierten Generierung von Versuchsdesigns mit unvollständigen Blöcken (alpha-Designs, Row-Column-Designs). Das Programm wurde abgerundet durch ein Rahmenprogramm mit Führungen durch das Hohenheimer Schloss sowie die Hohenheimer Gärten und zwei Abendveranstaltungen im Schloss und der Mensa der Universität.
Im Juni 2008 wird die Sommertagung in Monheim bei der Bayer CropScience durchgeführt. Das Schwerpunktthema der Tagung werden Boniturverfahren sein.
(H.-P. Piepho, Hohenheim)
Bericht der Sommertagung der AG Biometrie/Bioinformatik
am 8./9. Juni 2006 bei der KWS SAAT AG in Einbeck
- 43 Teilnehmer -
Die diesjährige Sommertagung wurde gemeinsam mit dem AK Biometrie und Versuchs-methodik (Deutsche Phytomedizinische Gesellschaft), der AG Versuchswesen (Gesellschaft für Pflanzenbauwissenschaften) und der AG Landwirtschaftliches Versuchswesen (Biometrische Gesellschaft) durchgeführt. Die KWS stellte in mehreren Vorträgen sowie bei der Feldbesichtigung ihr Feldversuchswesen und ihre Datenverarbeitung für Feldversuche und Genomdaten vor. In zwei Tandems wurden statistische Probleme bei der Anlage und Auswertung von Feldversuchen erörtert:
(1) Schwadproben-Projekt (A. Dissemond, A. Büchse). Hierbei ging es um die Ermittlung des Nematodenbefalls im Feld basierend auf Schwadproben.
(2) Eine unrandomisierte Versuchsserie zu Fusarium (A. Dissemond, H.-P. Piepho). Dieses Tandem untersuchte die Folgen einer fehlenden Randomisation in Versuchsserien, welche je Versuch nur eine Wiederholung aufweisen.
Ein weiterer Vortrag von A. Büchse hatte den Titel "Einzelreihenversuche bei Zuckerrüben mit Rhizoctonia solani". Herr Moll berichtete über die Ergebnisse einer Diskussionsrunde zum Thema "Blocks fix oder zufällig?“.
(H.-P. Piepho, Hohenheim)
Bericht der Sommertagung der AG Biometrie, Bioinformatik
30.6. / 1.7.2005 in Hannover
- ca. 40 Teilnehmer -
Organisation und Leitung: Prof. H.-P. Piepho, Hohenheim
Die diesjährige Sommertagung wurde gemeinsam mit dem AK Biometrie und Versuchsmethodik (Deutsche Phytomedizinische Gesellschaft), der AG Versuchswesen (Gesellschaft für Pflanzenbauwissenschaften) und der AG Landwirtschaftliches Versuchswesen (Biometrische Gesellschaft) i m Bundessortenamt durchgeführt. Die Tagung hatte folgende Schwerpunke:
- Grundlagen der Register- und Wertprüfung
- Biometrische Aspekte der Auswertung von Registerprüfungen und der
- Planung von Wertprüfungen
- Auswertung von Sortenversuchen mit überlappenden Großräumen
- Wirksamkeitsnachweis neuer Pflanzenschutzmittel
An die insgesamt acht Vorträge schloss sich eine Feldbesichtigung an.
Geschäftssitzung der GPZ-AG am 30. 6. 2005
- Vorstellung von zwei Themen für Bildung von Tandems zwischen Fachwissenschaftlern und Biometrikern („mehrortiger Versuch zu Fusarien in Weizen nach Mais“, „Probennahmeverfahren zur Belastung mit Rübennematoden“); Ergebnisse sollen zur Sommertagung 2006 vorgetragen werden (Ansprechpartner: Dr. Dissemond)
- Interessierte Mitglieder der AGs erarbeiten eine Argumentation zur Problematik „Block fix oder zufällig?“; Vorstellung der Ergebnisse (spätestens) zur Sommertagung 2006
(Ansprechpartner: Dr. Moll) - Sommertagung 2006 ist in Einbeck geplant (KWS SAAT AG)
- Auf einer Beratung am 25.5.05 haben die Sprecher der o.g. AGs einen Vorschlag für die Durchführung eines Symposiums „Landwirtschaftliches Versuchswesen – heute und morgen“ im Oktober 2007 in Hohenheim erarbeitet. Die AG spricht sich dafür aus, im Jahr 2007 keine separate Sommertagung durchzuführen, sondern stattdessen die zur Verfügung stehenden Kräfte auf diese Veranstaltung mit breit angelegter Zielgruppe zu konzentrieren. Die lokale Organisation wird durch Herrn Prof. Piepho und die inhaltliche Organisation durch Herrn Dr. Bleiholder geleitet.
- Bericht der bisherigen Sprecherin der AG (Frau Prof. Dr. Ch. Richter, Humboldt-Universität Berlin) über die Tätigkeit in den vergangenen drei Jahren und Wahlen: Als neuer Sprecher der AG Landwirtschaftliches Versuchswesen wurde gewählt:
Dr. Uwe Meyer(bisher stellvertretender Sprecher; e-mail: uwe.meyer@bundessortenamt.de) Bundessortenamt, Referat 111 Osterfelddamm 80, D-30627 Hannover, Tel.: 0511/9566 689
Als Stellvertreter des Sprechers wurde gewählt:
Prof. Dr. Joachim Spilke (e-mail: joachim.spilke@landw.uni-halle.de) Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, Landwirtschaftliche Fakultät Arbeitsgruppe Biometrie und Agrarinformatik Ludwig-Wucherer-Straße 82/85 D-06108 Halle/Saale, Tel.: 0345/5522691
(Hans-Peter Piepho, Hohenheim)
Bericht der Tagung der AG 1: Biometrie, Bioinformatik
am 22./23. März 2005 in Halle
Am diesjährigen Biometrischen Kolloquium in Halle nahm die AG 1 „Biometrie und Bioinformatik“ der GPZ gemeinsam mit der AG Versuchswesen der Gesellschaft für Pflanzenbauwissenschaften, des AK Biometrie und Versuchsmethodik der Deutschen Phytomedizinischen Gesellschaft sowie der AG Landwirtschaftliches Versuchswesen der Deutschen Region der Internationalen Biometrischen Gesellschaft teil.
Bei diesem Kolloquium gab es einen ausgeprägten agrarwissenschaftlichen Schwerpunkt mit einer Reihe von Vorträgen zur QTL Kartierung bei Nutztieren und Kulturpflanzen sowie zur Anwendung von gemischten Modellen bei verschiedenen agrarwissenschaftlichen Fragestellungen, z.B. bei der Auswertung von Sortenversuchen für das Offizialprüfwesen. Ein weiteres Schwerpunktthema waren statistische Verfahren für Genexpressionsdaten. In diesem Jahr waren außerdem Kollegen der Polnischen Region der Internationalen Biometrischen Gesellschaft zu Gast, und viele von diesen hielten Vorträge mit Bezug zur Versuchsplanung basierend auf gemischten Modellen.
Höhepunkt aus agrarwissenschaftlicher Sicht waren zwei eingeladene Vorträge: Prof. Walter Stroup (University of Nebraska, Lincoln) berichtete zur Versuchsplanung für Feldversuche basierend auf geostatistischen Methoden sowie für die nichtlineare Regression für Ertragsfunktionen mehrerer Einflussvariabler. Der Vortrag machte unter anderem deutlich, dass die Verfügbarkeit geostatistischer Verfahren zur Auswertung von Feldversuchen kein Ersatz für eine fundierte Versuchsplanung ist. Es wurden verschiedene, einfach zu implementierende Werkzeuge für die Versuchsplanung bei avisierter geostatistischer Auswertung vorgestellt und anhand von Beispielen erläutert.
Der zweite Gast, Dr. Oliver Schabenberger (SAS Institute) trug zum Thema "reduced rank spline regression" vor. Diese Verfahren beruhen auf einer elementaren Beziehung zwischen dem Strafterm einer Spline-Regression und Varianzkomponenten im gemischten Modell. Sie erlauben es, komplexe funktionale Zusammenhänge durch eine nichtparametrische glättende Regression anzupassen. Die Glättung ist im Allgemeinen stärker als bei anderen Spline-Verfahren, weil die Regressionskoeffizienten des Splines als zufällige Effekte modelliert werden, welche durch eine Schrumpfungsschätzung (best linear unbiased prediction) geschätzt werden. Interessante Anwendungen ergeben sich in verschiedenen Bereichen, so z.B. in der geostatistischen Auswertung großer raumbezogener Datensätze, wie sie im Zusammenhang mit der teilflächenspezifischen Bewirtschaftung sowie der GPS-basierten Ertragskartierung in immer größerem Maße anfallen, oder bei der Normalisierung von Genexpressionsdaten. Hier stoßen klassische Verfahren, wie das Kriging, an rechentechnische Grenzen, wenn die Zahl der Datenpunkte in die Tausende geht, vor allem bei Verwendung von likelihood-basierten Verfahren.
(H.-P. Piepho, Hohenheim)